Kluczowa różnica między trawieniem heterotrofów i saprotrofów polega na tym, że trawienie heterotrofów odbywa się wewnątrzkomórkowo, podczas gdy trawienie saprotrofów jest zewnątrzkomórkowe.
Trawienie jest ważnym procesem dla przetrwania organizmów. Dzięki temu procesowi składniki odżywcze stają się dostępne do wchłonięcia przez organizmy. Trawienie heterotroficzne to proces trawienia wewnątrzkomórkowego w organizmach zależnych od żywności organicznej. Trawienie saprotroficzne to proces trawienia zewnątrzkomórkowego, w którym organizmy zależą od martwej materii organicznej. Zarówno trawienie heterotrofów, jak i saprotrofów jest ważne dla przetrwania biosfery. Heterotrofy zależą od materii organicznej pochodzącej z roślin i innych źródeł zwierzęcych. Z drugiej strony, saprotrofy są bezpośrednio zależne od martwej materii organicznej jako źródła pożywienia. Dlatego poznanie tych wzorców trawienia pomaga w badaniu zależności żywieniowych w organizmach.
