Kluczową różnicą między trawieniem białek w żołądku i jelicie cienkim jest to, że trawienie białek w żołądku zachodzi przez pepsynę i kwas solny, podczas gdy trawienie białek w jelicie cienkim odbywa się przez trypsynę i chymotrypsynę wydzielane przez trzustkę.
Pokarm, który spożywamy, podlega w układzie pokarmowym procesowi chemicznego i mechanicznego trawienia. Po strawieniu pokarmu składniki odżywcze są wchłaniane do krwiobiegu przez jelito cienkie. Trawienie białek przebiega dwuetapowo: w żołądku iw pierwszej części jelita cienkiego (dwunastnicy) przez proteazy. W żołądku pepsyna rozkłada białka na aminokwasy i oligopeptydy. Dalsze trawienie oligopeptydów na aminokwasy, dipeptydy i tripeptydy zachodzi w jelicie cienkim przez enzymy trzustkowe.