Kluczowa różnica między doborem stabilizującym a równoważącym polega na tym, że dobór stabilizujący jest rodzajem doboru naturalnego, który faworyzuje przeciętne fenotypy w populacji, podczas gdy dobór równoważący polega na utrzymaniu wielu alleli genu w populacji w celu zwiększenia różnorodności genetycznej.
Dobór stabilizujący to rodzaj doboru naturalnego, który ma zastosowanie do cechy fenotypowej. Faworyzuje przeciętne fenotypy w populacji. Dlatego eliminuje oba typy skrajnych fenotypów. Ostatecznie tworzy jednolitą populację. Dobór równoważący to kilka selektywnych procesów, które utrzymują korzystną różnorodność genetyczną w populacji poprzez utrzymanie wielu alleli genu. Dlatego odnosi się do locus genu.