Kluczowa różnica między całkowitą liczbą komórek a liczbą żywych komórek polega na tym, że całkowita liczba komórek szacuje wszystkie komórki, w tym zarówno żywe, jak i martwe komórki drobnoustrojów w próbce, podczas gdy liczba żywych komórek szacuje tylko żywe komórki drobnoustrojów w próbce.
Zliczenie liczby organizmów w populacji jest uważane za niezbędne w większości prac eksperymentalnych. Dlatego staramy się analizować liczbę drobnoustrojów w próbce metodami bezpośrednimi i pośrednimi. Pomiary bezpośrednie obejmują metody bezpośredniego zliczania liczby komórek. Pomiary pośrednie obejmują pomiar pewnych parametrów, które mogą być związane z liczbą komórek, takich jak gęstość komórek, sucha masa itp. Niektóre metody określają ilościowo tylko żywe komórki mikroorganizmów w próbce. Jedną z takich metod jest liczba żywotnych komórek. Bezpośrednie zliczenia mikroskopowe określają ilościowo wszystkie komórki w znanej objętości pożywki / próbki przy użyciu mikroskopu. Dlatego liczy zarówno żywe, jak i martwe komórki. Jest to rodzaj całkowitej liczby komórek.