Kluczowa różnica między stwardnieniem rozsianym a chorobą z Lyme polega na tym, że borelioza jest chorobą zakaźną, podczas gdy SM nie jest chorobą zapalną bez zakaźnego pochodzenia. Oznacza to, że stwardnienie rozsiane jest przewlekłą autoimmunologiczną chorobą zapalną, w której pośredniczą limfocyty T, dotykającą ośrodkowy układ nerwowy. Z drugiej strony boreliozę wywołuje krętek Borrelia burgdoferi, który wnika do organizmu człowieka przez ukąszenia wszy lub kleszcza.
Zarówno stwardnienie rozsiane, jak i choroba z Lyme to choroby, które mogą wpływać na nasz układ neurologiczny.