Kluczowa różnica między genem epistatycznym a genem hipostatycznym polega na tym, że gen epistatyczny jest genem, który wpływa na ekspresję innego genu w innym miejscu, podczas gdy gen hipostatyczny jest genem, który poddaje się interferencji z genem epistatycznym.
Pewne geny zależą od innych genów nieallelowych, jeśli chodzi o ich ekspresję. Epistaza to forma interakcji genów, w której jeden gen zakłóca lub maskuje ekspresję innego genu znajdującego się w innym locus. W związku z tym jest to rodzaj nieallelowej interakcji genów. W tej szczególnej interakcji genów oddziałują dwa geny i są to gen epistatyczny i gen hipostatyczny. W związku z tym gen, który maskuje ekspresję innego genu, jest znany jako gen epistatyczny, podczas gdy gen, na którego ekspresję ma wpływ, jest znany jako gen hipostatyczny.
