Kluczową różnicą między genem holandrycznym a genem związanym z płcią jest to, że gen holandryczny jest formą genu związanego z płcią znajdującego się na chromosomie Y, podczas gdy gen związany z płcią jest genem zlokalizowanym na chromosomach płci.
Para chromosomów płciowych może decydować o płci ludzi i innych ssaków. Mężczyźni mają chromosomy XY, podczas gdy kobiety mają chromosomy XX. Chromosomy X i Y nie są homologiczne. Nie mają też tych samych genów. Chromosom Y jest krótszy i przenosi niewielką liczbę genów w porównaniu z chromosomem X. Geny na chromosomie X są znane jako geny połączone z X. Podobnie, geny zlokalizowane na chromosomie Y są znane jako geny połączone z Y lub geny holandryczne. Zarówno geny sprzężone z X, jak i Y są powszechnie znane jako geny związane z płcią.
