Kluczowa różnica między genem kandydującym a GWAS polega na tym, że podejście oparte na genie kandydującym bada zmienność genetyczną w obrębie niewielkiej liczby wstępnie określonych genów będących przedmiotem zainteresowania, podczas gdy GWAS bada cały genom pod kątem wspólnej zmienności genetycznej odpowiadającej za konkretną chorobę.
Kandydujące podejście genowe i badania asocjacyjne całego genomu (GWAS) to dwie metody, które są ważne w wykrywaniu podatności genetycznej na choroby. Podejście oparte na genach kandydata opiera się na wstępnie określonej małej liczbie genów, podczas gdy GWAS opiera się na testowaniu całego genomu. W związku z tym podejście oparte na genach kandydatów wymaga wcześniejszej znajomości genów mających znaczenie dla choroby, w przeciwieństwie do GWAS.
