Kluczowa różnica między ektomikoryzą a endomikoryzą polega na tym, że strzępki grzybów nie wnikają do komórek korowych korzeni roślin podczas ektomikoryzy, podczas gdy strzępki grzybów wnikają do komórek korowych korzeni roślin w endomikoryzie.
Mikoryza to ważny związek symbiotyczny zachodzący między grzybami a korzeniami roślin wyższych. Korzyści z tego stowarzyszenia czerpią zarówno grzyby, jak i rośliny. Strzępki grzybów wnikają w glebę i dostarczają roślinom składniki odżywcze, podczas gdy rośliny zapewniają również korzyści grzybom. Dlatego jest to związek ważny z ekologicznego punktu widzenia. Co najważniejsze, strzępki grzybów mogą rosnąć do kilku metrów i przenosić do korzeni wodę i składniki odżywcze, zwłaszcza azot, fosfor, potas. Ponadto asocjacja mikoryzowa chroni roślinę przed patogenami korzeni. Stąd objawy niedoboru składników odżywczych są mniej prawdopodobne u roślin znajdujących się w tych symbiotycznych zespołach. Istnieją dwa rodzaje mikoryz, takie jak ektomikoryzy i endomikoryzy.
