Kluczowa różnica między amplifikacją genu a klonowaniem genów polega na tym, że amplifikacja genu jest procesem tworzenia wielu kopii interesującego genu in vitro w drodze łańcuchowej reakcji polimerazy. Ale klonowanie genów jest procesem tworzenia wielu kopii interesującego genu in vivo poprzez tworzenie rekombinowanego plazmidu i transformację go w bakterię gospodarza.
Gen to specyficzny fragment DNA, który koduje białko. Organizm posiada tysiące genów. Ponadto możliwe jest namnożenie sekwencji DNA ważnych genów przy użyciu technik biologii molekularnej. Amplifikacja genów i klonowanie genów to dwie takie procedury. Obie procedury dają wiele kopii interesującego genu. Istnieje jednak różnica między amplifikacją genów a klonowaniem genów pod względem metodologii.
