Kluczowa różnica między genomem a pulą genów polega na tym, że genom odnosi się do całego DNA organizmu, podczas gdy pula genów odnosi się do pełnego zestawu unikalnych genów krzyżującej się populacji.
Gen jest podstawową jednostką strukturalną dziedziczności. Geny przechodzą z rodzica na potomstwo za pośrednictwem gamet. Są również obecne w genomie organizmu. Genom to kompletny zestaw DNA organizmu. Podobnym terminem jest również pula genów. Ale reprezentuje zbiór wszystkich genów obecnych w populacji lub gatunku. W przeciwieństwie do genomu, pula genów to mieszanka genów populacji. W związku z tym pula genów reprezentuje wszystkie możliwe allele obecne w tej konkretnej populacji.