Kluczowa różnica między autologicznym a allogenicznym przeszczepem komórek macierzystych polega na tym, że w przypadku autologicznego przeszczepu komórek macierzystych do przeszczepu wykorzystuje się własne komórki, natomiast w przypadku allogenicznego przeszczepu komórek macierzystych dawca jest dobierany przed przeszczepem, a następnie podawany.
Przeszczep komórek macierzystych to technika stosowana głównie w leczeniu raka. W transplantacji komórek macierzystych podaje się komórki macierzyste o odpowiednio zaawansowanych właściwościach, tak aby rozwijały się w komórki immunologiczne zdolne do niszczenia komórek rakowych. Jego drugą funkcją jest ochrona niezłośliwych komórek organizmu. Autologiczny i allogeniczny przeszczep komórek macierzystych to dwa rodzaje technik transplantacji komórek macierzystych. Autologiczny przeszczep komórek macierzystych wykorzystuje do przeszczepu własne komórki macierzyste, podczas gdy allogeniczny przeszczep komórek macierzystych wykorzystuje komórki macierzyste od dobranego dawcy.