Kluczowa różnica między przeszczepem allogenicznym i autologicznym zależy od źródła komórek macierzystych do przeszczepu. Przeszczep allogeniczny wykorzystuje nowe komórki macierzyste od innego dawcy, podczas gdy przeszczep autologiczny wykorzystuje własne komórki macierzyste pacjenta.
Komórki macierzyste to niezróżnicowane komórki, które mogą dzielić się i różnicować w różne inne typy komórek. W konsekwencji komórki te mają zdolność samoodnawiania. Dlatego stanowią podstawę naszych narządów i tkanek. Ponadto pełnią funkcję systemu naprawczego naszego organizmu. Ponieważ komórki macierzyste są zdolne do wytwarzania większej liczby komórek potomnych tego samego typu lub różnicowania się w określone typy komórek, są one wykorzystywane w terapii komórkami macierzystymi w celu zastąpienia nieprawidłowo funkcjonujących lub chorych tkanek zdrowymi tkankami. Terapia komórkami macierzystymi może być allogeniczna lub autologiczna. Zależy to od nowych komórek macierzystych używanych do zastąpienia tkanki podczas przeszczepu. W terapii komórkami macierzystymi, jeśli używane są komórki macierzyste pacjenta, jest to przeszczep autologiczny. Ale jeśli pochodzi od innego dawcy, nazywa się to przeszczepem allogenicznym.