Kluczowa różnica między knockoutem a knockdownem polega na tym, że knockout genu jest techniką, w której gen będący przedmiotem zainteresowania jest całkowicie usuwany (stan niedziałający) w celu zbadania funkcji genu, podczas gdy knockdown genu jest inną techniką, w której gen będący przedmiotem zainteresowania jest wyciszany w celu zbadania rola konkretnego genu w systemie biologicznym.
Stosowane są różne techniki genetyczne w celu zbadania funkcjonowania genów w żywych systemach biologicznych. Knockout i knockdown to dwie takie techniki. Techniki te pomagają naukowcom identyfikować funkcjonalne aspekty różnych genów w żywych organizmach.