Kluczowa różnica między cykloheksanem cis i cykloheksanem trans polega na tym, że podstawniki cis cykloheksanu wskazują na tę samą płaszczyznę pierścienia, podczas gdy w cykloheksanie w układzie trans podstawniki są skierowane na przeciwne płaszczyzny.
Cykloheksan jest cykloalkanem, w którym sześcioczłonowy pierścień węglowy występuje w konformacji krzesła. W konformacji krzesełkowej związek ten ma najmniejsze odkształcenie kątowe; w związku z tym jest bardziej stabilny niż inne możliwe konformacje. Ponadto w tej konformacji połowa atomów wodoru połączonych z atomami węgla znajduje się w płaszczyźnie pierścienia. Nazywamy to pozycjonowaniem równikowym. Druga połowa jest umieszczona prostopadle do płaszczyzny pierścienia. Nazywamy to pozycjonowaniem osiowym. Gdy w cykloheksanie są dwa lub więcej podstawników, możemy obserwować izomeryzm cis i trans, obserwując, czy podstawniki znajdują się w pozycji równikowej czy osiowej.
