Kluczową różnicą między cisgenezą a intragenezą jest to, że w cisgenesis geny są wprowadzane bez dokonywania jakichkolwiek zmian w sekwencji DNA, a geny mają swój natywny promotor, introny i sekwencje terminatora, podczas gdy podczas intragenezy geny można projektować przy użyciu elementów genetycznych z innych roślin z tą samą zgodną płciowo pulą genów.
Transgeneza to modyfikacja genetyczna rośliny biorcy za pomocą genów z dowolnego organizmu innego niż roślinny lub z rośliny dawcy, która jest niezgodna płciowo z rośliną biorcą. Cisgenesis i intragenesis to dwie alternatywne koncepcje dla transgenezy. Obie zachodzą między krzyżowalnymi gatunkami. Cisgenesis odnosi się do modyfikacji genetycznej rośliny biorcy za pomocą naturalnego genu z rośliny zgodnej płciowo. Z drugiej strony intrageneza pozwala na wykorzystanie nowych kombinacji genów utworzonych w wyniku rearanżacji funkcjonalnych elementów genetycznych in vitro. Jednak obie koncepcje opierają się na wykorzystaniu genów z tego samego gatunku lub gatunków blisko spokrewnionych, które są kompatybilne płciowo. W związku z tym intrageneza i cisgeneza są identyczne z pulą genów dostępną dla konwencjonalnej hodowli.
