Kluczową różnicą między pepsyną a proteazą jest to, że pepsyna jest jednym z typów proteazy, podczas gdy proteaza jest enzymem, który rozszczepia białko na aminokwasy.
Białka to ważne makrocząsteczki zbudowane z różnych aminokwasów. Aminokwasy są budulcem białek i polimeryzują do białek przez wiązania amidowe. Niektóre enzymy mogą rozbijać białka na aminokwasy i są znane jako proteazy. Istnieją różne typy proteaz, różniące się mechanizmem hydrolizy. Jednym z takich typów jest pepsyna, która jest proteazą żołądkową.