Kluczowa różnica między kwasami tłuszczowymi cis i trans polega na tym, że kwasy tłuszczowe cis mają dwa atomy wodoru przyłączone do podwójnego wiązania po tej samej stronie łańcucha węglowego, podczas gdy kwasy tłuszczowe trans mają dwa atomy wodoru związane z podwójnym wiązaniem po przeciwnej stronie boki łańcucha węglowego.
Kwasy tłuszczowe to kwasy karboksylowe zawierające długie alifatyczne łańcuchy węglowe, które są nasycone lub nienasycone. Oznacza to, że łańcuch alifatyczny może zawierać podwójne wiązania między atomami węgla lub nie. Kwasy tłuszczowe cis i trans to dwie formy nienasyconych kwasów tłuszczowych.