Kluczowa różnica między Cosmidem a Phagemidem polega na rodzaju zawartych w nim sekwencji. Cosmid zawiera miejsce cos i plazmid. Dlatego jest to wektor hybrydowy, podczas gdy Phagemid jest plazmidem zawierającym początek replikacji F1 faga F1.
Kosmidy i fagemidy są używane do celów klonowania, zwłaszcza do klonowania większych fragmentów DNA. Mają one szerokie zastosowanie zwłaszcza w klonowaniu genów odpowiedzialnych za produkcję różnych białek. Kosmidy i fagemidy są replikowane same jako plazmidy lub są pakowane w cząstki wirusa, a następnie replikowane.
