Kluczowa różnica między aminokwasami glukogennymi i ketogennymi polega na tym, że aminokwasy glukogenne wytwarzają pirogronian lub inne prekursory glukozy podczas swojego katabolizmu, podczas gdy aminokwasy ketogenne wytwarzają acetylo-CoA i acetoacetylo-CoA podczas swojego katabolizmu.
Aminokwasy to podstawowe cząsteczki, które tworzą strukturę chemiczną białek i polipeptydów. Chociaż istnieją różne klasyfikacje aminokwasów, możemy je sklasyfikować jako aminokwasy glukogenne i ketogenne w zależności od półproduktów, które tworzą podczas ich katabolizmu. Jak wspomniano powyżej, produkt końcowy katabolizmu aminokwasów daje dwa rodzaje produktów pośrednich; pirogronian (lub innych prekursorów glukozy) lub acetylo-CoA i acetoacetylo-CoA.