Kluczowa różnica między substratem a miejscem aktywnym polega na tym, że substrat jest związkiem chemicznym, który może ulegać reakcji chemicznej, podczas gdy miejsce aktywne jest określonym regionem enzymu.
Enzymy są biologicznymi katalizatorami. Są to białka, które mogą zmniejszać energię aktywacji reakcji chemicznej, aby zmniejszyć barierę energetyczną tej reakcji. W związku z tym może zwiększyć szybkość reakcji. Reagentem reakcji, w której biorą udział enzymy, jest „substrat”. Substrat ten wiąże się z miejscem aktywnym enzymu. Tam zachodzą reakcje. Ostatecznie uwalnia produkty reakcji.