Kluczowa różnica między glikogenem a glukozą polega na tym, że glikogen jest polisacharydem przechowującym węglowodany w zwierzętach i grzybach, podczas gdy glukoza jest najobficiej występującym monosacharydem, który działa jako główne źródło energii w komórkach.
Węglowodany to związki organiczne charakteryzujące się pierwiastkami węgla, wodoru i tlenu. Stosunek wodoru do tlenu wynosi 2: 1 w węglowodanach, podobnie jak w wodzie. Węglowodany są bardzo ważnymi, szeroko rozpowszechnionymi związkami biologicznymi, ponieważ są głównym źródłem energii i budulcem protoplazmy. Ogólnie rzecz biorąc, węglowodany są białe, stałe i rozpuszczalne w płynach organicznych, z wyjątkiem niektórych polisacharydów. Monosacharydy są podstawowymi jednostkami cząsteczek węglowodanów, a najważniejszą z nich jest glukoza. Glikogen jest również węglowodanem. Ale jest to polisacharyd utworzony przez anabolizm cząsteczek glukozy w cząsteczkę rozgałęzioną. Zarówno glukoza, jak i glikogen są ważne w produkcji energii w organizmie. Glukoza jest głównym paliwem do produkcji energii, a glikogen jest rodzajem wtórnego,długotrwałe magazynowanie energii u zwierząt i grzybów.