Kluczowa różnica między genomiką strukturalną a funkcjonalną polega na tym, że genomika strukturalna polega na badaniu fizycznej natury genomów, w tym sekwencjonowaniu i mapowaniu genomów, podczas gdy genomika funkcjonalna to badanie ekspresji i funkcji genomu.
Genomika to dziedzina biologii, która dotyczy struktury, organizacji, funkcji, ewolucji i mapowania genomów organizmów żywych. Obejmuje również sekwencjonowanie genomów, określenie pełnego zestawu białek kodowanych przez organizm oraz funkcjonowanie genów i szlaków metabolicznych w organizmie. Krótko mówiąc, genomika to badanie na dużą skalę grupy genów. Dlatego badania prowadzone są na poziomie genomu. Genomika strukturalna i genomika funkcjonalna to dwie główne gałęzie genomiki. Genomika strukturalna koncentruje się na charakterystyce i zapewnieniu lokalizacji całego zestawu genów w genomie. Z kolei genomika funkcjonalna skupia się na funkcji i właściwościach.