Kluczowa różnica - AFLP vs RFLP
Badania DNA mają ogromne znaczenie w zrozumieniu i określeniu związków filogenetycznych, diagnozowaniu chorób genetycznych i mapowaniu genomów organizmu. Do identyfikacji określonego genu lub sekwencji DNA w puli nieznanego DNA stosuje się również kilka technik związanych z analizą DNA. Są znane jako markery molekularne. Polimorfizm długości amplifikowanego fragmentu (AFLP) i polimorfizm długości fragmentu restrykcyjnego (RFLP) to dwa takie markery molekularne (metody) opracowane w biologii molekularnej do wykrywania zmienności genetycznej między organizmami. Obie metody są równie ważne i mają zalety i wady. Kluczowa różnica między AFLP i RFLP polega na tym, że AFLP obejmuje selektywną amplifikację trawionego DNA metodą PCR, podczas gdy RFLP nie obejmuje selektywnej amplifikacji fragmentów DNA za pomocą reakcji PCR.
SPIS TREŚCI
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest AFLP
3. Co to jest RFLP
4. Porównanie bezpośrednie - AFLP vs RFLP
5. Podsumowanie
Co to jest AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) jest ważnym narzędziem w biologii molekularnej i jest szeroko stosowany w analizie zmienności genetycznej. AFLP opiera się na specyficznej amplifikacji PCR pofragmentowanego genomowego DNA i wykrywaniu polimorfizmu za pomocą autoradiografii za pomocą elektroforezy żelowej. AFLP w znacznym stopniu przyczynia się do identyfikacji różnic genetycznych w szczepach lub blisko spokrewnionych gatunkach z różnych królestw, w tym roślin, zwierząt, bakterii i grzybów. AFLP można przeprowadzić z niewielkimi ilościami nieznanych próbek DNA. Nie wymaga wcześniejszej znajomości sekwencji i projektowania sond.
Kroki AFLP
- Izolacja DNA
- Trawienie DNA endonukleazami restrykcyjnymi
- Ligacja ograniczonych fragmentów DNA za pomocą adapterów
- Selektywna amplifikacja fragmentów z określonymi miejscami restrykcyjnymi
- Rozdzielanie produktów PCR metodą elektroforezy żelowej
- Wizualizacja matrycy żelowej metodą autoradiografii
AFLP jest bardziej czułą i odtwarzalną metodą, którą można stosować do profilowania DNA kilku taksonów, w tym grzybów, bakterii, roślin i zwierząt, bez wcześniejszej wiedzy o sekwencjach DNA. Pomaga w identyfikacji niewielkich różnic między osobnikami w populacjach ze względu na jego bardzo wrażliwy charakter. AFLP jest również ważne w mapowaniu genomu, badaniach kryminalistycznych, testach rodziców, genotypowaniu itp.
Rysunek 01: AFLP
Co to jest RFLP?
Polimorfizmy długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) to technika używana do wykrywania zmian genetycznych w homologicznych sekwencjach DNA. Jest to pierwsza metoda opracowana do profilowania DNA. Organizmy mają unikalne odciski palców DNA lub profile DNA. RFLP służy jako ważne narzędzie do analizy zmienności między profilami DNA organizmów wewnątrzgatunkowych lub blisko spokrewnionych, ponieważ sekwencje homologiczne mają różne miejsca restrykcyjne (lokalizacje), które są unikalne dla określonego organizmu. Kiedy homologiczne DNA jest trawione specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi, skutkuje to różnymi profilami DNA, które są unikalne dla każdego osobnika. W związku z tym,Podstawą tej metody jest wykrywanie zmienności genetycznej między organizmami poprzez restrykcję homologicznego DNA specyficznymi enzymami restrykcyjnymi oraz analizę polimorfizmu długości fragmentów za pomocą elektroforezy żelowej i blottingu. Wzory blottingu są unikalne dla każdego organizmu i charakteryzują określone genotypy.
Etapy RFLP
- Izolacja wystarczającej ilości DNA z próbek
- Fragmentacja próbek DNA specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi na krótkie sekwencje
- Rozdzielenie powstałych fragmentów o różnej długości metodą elektroforezy w żelu agarozowym.
- Przeniesienie profilu żelu na membranę metodą Southern blotting
- Hybrydyzacja błony ze znakowanymi sondami i analiza polimorfizmu długości fragmentów w każdym profilu
RFLP jest bardzo ważną techniką wykrywania dziedziczenia choroby i określania ryzyka wystąpienia choroby wśród członków rodziny. RFLP jest również często używany w mapowaniu genomu, identyfikacji przestępców w medycynie sądowej, testowaniu ojcostwa itp. RFLP ma również kilka ograniczeń. RFLP wymaga wcześniejszej znajomości danych sekwencyjnych do projektowania sond do hybrydyzacji. Wymaga również izolacji wystarczającej ilości DNA z próbki do analizy, co jest trudne w badaniach kryminalistycznych.
Rysunek 01: Mapowanie RRFLP
Jaka jest różnica między AFLP a RFLP?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP obejmuje selektywną amplifikację trawionego DNA metodą PCR. | RFLP nie obejmuje PCR, chyba że jest to PCR-RFLP. |
| Wiedza o sekwencji | |
| Wcześniejsza znajomość sekwencji nie jest wymagana. | Do zaprojektowania sond RFLP wymagana jest wcześniejsza znajomość sekwencji. |
| Niezawodność | |
| To jest bardziej niezawodne. | Jest to mniej niezawodne w porównaniu z AFLP. |
| Skuteczność wykrywania polimorfizmu | |
| Ma to wyższą skuteczność w wykrywaniu polimorfizmu niż RFLP. | Jest to mniej wydajne w porównaniu z AFLP. |
| Koszt | |
| Jest to trochę drogie w porównaniu z RFLP. | Jest to tańsze w porównaniu do AFLP. |
| Aplikacje | |
| AFLP zostały zastosowane do mapowania genomu, pobierania odcisków palców DNA, badań różnorodności genetycznej, testowania ojcostwa i medycyny sądowej | Analiza RFLP jest ważnym narzędziem w mapowaniu genomu, lokalizacji genów zaburzeń genetycznych, określaniu ryzyka choroby i testowaniu ojcostwa. |
Podsumowanie - AFLP vs RFLP
AFLP i RFLP to dwie techniki wykorzystywane jako markery genetyczne do oceny różnorodności i oceny powiązań genetycznych w biologii molekularnej. AFLP służy jako skuteczna i czuła metoda wykrywania polimorfizmu genetycznego między organizmami niż RFLP. Jednak, chociaż obie te metody mają różną skuteczność w wykrywaniu zmian genetycznych, nadal są używane do pobierania odcisków palców DNA i diagnozowania chorób.
