Kluczowa różnica między kontigiem a rusztowaniem polega na tym, że kontig nie ma przerw, podczas gdy rusztowanie składa się z kontigów i luk.
Sekwencjonowanie genomu organizmów wielokomórkowych jest bardzo trudne w porównaniu z sekwencjonowaniem organizmów jednokomórkowych. Sekwencjonowanie strzelby całego genomu jest prostą i szybką techniką sekwencjonowania genomu wielokomórkowego. Jest to metoda polegająca na równoległym sekwencjonowaniu wielu nakładających się fragmentów DNA. W tej metodzie małe fragmenty są składane w większe fragmenty, a następnie w większe kontigi za pomocą komputera. Następnie kontigi są montowane w rusztowania, a na końcu w chromosom. Dlatego kontig jest ciągłym odcinkiem sekwencji nukleotydowych, podczas gdy rusztowanie jest częścią genomu składającą się z kontigów i luk. Zarówno kontig, jak i rusztowanie są zrekonstruowanymi sekwencjami genomowymi.
