Kluczowa różnica - RAPD vs RFLP
Markery genetyczne są używane w biologii molekularnej do identyfikowania różnic genetycznych między osobnikami i gatunkami. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) i Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) to dwa ważne markery molekularne rutynowo używane w laboratoriach. RAPD wykonuje się z krótkimi i arbitralnymi starterami oligonukleotydowymi i opiera się na losowej amplifikacji wielu lokalizacji w matrycowym DNA organizmu. RFLP jest wykonywana z użyciem specyficznej endonukleazy restrykcyjnej i opiera się na polimorfizmie powstałych fragmentów restrykcyjnych i hybrydyzacji. Kluczowa różnica między RAPL i RFLP polega na tym, że RAPD jest rodzajem techniki PCR wykonywanej bez wcześniejszej znajomości sekwencji, podczas gdy RFLP nie bierze udziału w PCR i wymaga wcześniejszej znajomości sekwencji, aby przeprowadzić tę technikę.
SPIS TREŚCI
1. Przegląd i kluczowa różnica
2. Co to jest RAPD
3. Co to jest RFLP
4. Porównanie bezpośrednie - RAPD vs RFLP
5. Podsumowanie
Co to jest RAPD?
RAPD jest użytecznym markerem molekularnym w biologii molekularnej. To szybka i łatwa technika. RAPD można zdefiniować jako metodę, która prowadzi do polimorficznych sekwencji DNA w wyniku losowej amplifikacji wielu lokalizacji docelowej matrycy DNA. RAPD wykorzystuje krótkie startery oligonukleotydowe z dowolnymi sekwencjami do amplifikacji PCR. Startery są sztucznie syntetyzowane bez wcześniejszej wiedzy o sekwencji. Dlatego jest uważana za łatwą i przydatną technikę.
RAPD obejmuje następujące główne kroki.
- Ekstrakcja docelowego DNA
- Amplifikacja wielu lokalizacji docelowego DNA przy użyciu losowo wybranych starterów
- Elektroforeza żelowa zamplifikowanych produktów PCR
- Barwienie bromkiem etydyny i identyfikacja polimorfizmu
W wyniku zmian w hybrydyzacji startera podczas amplifikacji generowane są różne fragmenty o różnych długościach. W związku z tym wzory pasm na żelach są różne u różnych osobników i gatunków. Zatem RAPD umożliwia wykrywanie zmienności genetycznej między organizmami w zakresie identyfikacji i różnicowania.
RAPD jest stosowany w różnych badaniach biologii molekularnej, takich jak identyfikacja różnic genetycznych między blisko spokrewnionymi gatunkami, mapowanie genów, pobieranie odcisków palców DNA, identyfikacja chorób dziedzicznych itp.
Rysunek 01: RAPD
Co to jest RFLP?
Polimorfizmy długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) to marker molekularny stosowany w biologii molekularnej do identyfikacji zmienności genetycznej w homologicznych sekwencjach DNA. Jest to pierwszy marker genetyczny opracowany do pobierania odcisków palców DNA. Wszystkie organizmy wytwarzają unikalne profile DNA, gdy są ograniczone określonymi enzymami restrykcyjnymi. RFLP służy jako ważne narzędzie do tworzenia unikalnych profili DNA osób i wykrywania zmienności genetycznej między nimi. Kiedy próbki DNA są trawione specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi, daje to różne profile DNA, które są unikalne dla każdego osobnika. Dlatego zasadniczą cechą tej metody jest wykrywanie zmienności genetycznej między organizmami poprzez restrykcję homologicznego DNA specyficznymi enzymami restrykcyjnymi oraz analizę polimorfizmu długości fragmentów poprzez elektroforezę żelową i blotting. Wzory blottingu są unikalne dla każdego organizmu i charakteryzują określone genotypy.
Poniższe kroki dotyczą RFLP.
- Izolacja wystarczającej ilości DNA z próbek
- Fragmentacja próbek DNA specyficznymi endonukleazami restrykcyjnymi na krótkie sekwencje
- Rozdzielenie powstałych fragmentów o różnej długości metodą elektroforezy w żelu agarozowym.
- Przeniesienie profilu żelu na membranę metodą Southern blotting
- Hybrydyzacja błony ze znakowanymi sondami i analiza polimorfizmu długości fragmentów w każdym profilu
RFLP ma różne zastosowania, takie jak diagnostyka chorób dziedzicznych, mapowanie genomu, identyfikacja kryminalna w badaniach kryminalistycznych, badanie ojcostwa itp.
Rysunek 02: Genotypowanie RFLP
Jaka jest różnica między RAPD a RFLP?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD jest markerem molekularnym opartym na losowych starterach i PCR. | RFLP jest markerem molekularnym opartym na produkcji fragmentów restrykcyjnych o różnej długości. |
| Wymagana próbka | |
| Do analizy RAPD wystarczą małe próbki DNA. | Do analizy RFLP wymagana jest duża ilość wyekstrahowanej próbki DNA. |
| Czas | |
| RAPD to szybki proces. | RFLP to czasochłonny proces. |
| Stosowanie podkładu | |
| Stosowane są startery losowe i te same startery mogą być używane dla różnych gatunków. | Sondy specyficzne dla gatunku są używane w RFLP do hybrydyzacji. |
| Niezawodność | |
| Niezawodność tej techniki jest mniejsza w porównaniu z RFLP. | RFLP to niezawodna technika. |
| Blotting | |
| RAPD obejmuje Southern blotting. | Southern blotting jest jednym z etapów RFLP. |
| Wykrywanie zmienności allelicznej | |
| Odmiany alleliczne nie mogą zostać wykryte przez RAPD. | Zmiany alleliczne można wykryć za pomocą RFLP. |
| Potrzeba wiedzy o sekwencji | |
| RAPD nie wymaga wcześniejszej znajomości sekwencji. | Do projektowania sondy wymagana jest wcześniejsza znajomość sekwencji. |
| PCR | |
| PCR jest powiązany z RAPD | PCR nie jest powiązany z RFLP. |
| Odtwarzalność | |
| RAPD ma niską odtwarzalność | RFLP ma wysoką powtarzalność w porównaniu z RAPD. |
Podsumowanie - RAPD vs RFLP
RAPD i RFLP to ważne markery stosowane w biologii molekularnej. Obie metody są w stanie wykryć zmienność genetyczną między organizmami. RAPD przeprowadza się przy użyciu losowych starterów. RFLP przeprowadza się przy użyciu określonych enzymów restrykcyjnych. Obie metody dają profile DNA unikalne dla poszczególnych organizmów. RAPD obejmuje stosunkowo niewiele kroków niż RFLP. Ale daje mniej wiarygodne i odtwarzalne wyniki niż RFLP. Na tym polega główna różnica między RAPD a RFLP.
