Kluczowa różnica między izolacją geograficzną a reprodukcyjną polega na tym, że izolacja geograficzna jest kategorią izolacji reprodukcyjnej, która odnosi się do oddzielenia populacji organizmów przed kojarzeniem lub wymianą materiału genetycznego przez granice fizyczne, podczas gdy izolacja reprodukcyjna odnosi się do zestawu mechanizmów zapobiegających gatunkom z krycia i rodzenia płodnego potomstwa.
Zapłodnienie to połączenie plemnika i komórki jajowej w celu utworzenia diploidalnej zygoty podczas rozmnażania płciowego. Jeśli wyprodukowana zygota jest dojrzała, ostatecznie wyrosnie na zdrowe i płodne potomstwo. dlatego izolacja reprodukcyjna jest procesem, który zapobiega powstawaniu płodnego potomstwa. Zapobieganie to może wystąpić podczas procesu zapłodnienia lub po zapłodnieniu. Zresztą ostatecznie tworzy barierę dla płodnego potomstwa, które może urodzić kolejne płodne potomstwo. Wśród różnych mechanizmów izolacja geograficzna jest czynnikiem izolacji reprodukcyjnej.
