Kluczowa różnica między bezpośrednią i pośrednią immunofluorescencją polega na tym, że bezpośrednia immunofluorescencja wykorzystuje pojedyncze przeciwciało, które działa przeciwko interesującemu obiektowi docelowemu, podczas gdy pośrednia immunofluorescencja wykorzystuje dwa przeciwciała do znakowania celu będącego przedmiotem zainteresowania.
Immunofluorescencja lub obrazowanie komórek to technika używana do znakowania określonego antygenu docelowego fluoroforem. Tutaj fluorofor jest fluorescencyjnym związkiem chemicznym, który może ponownie emitować światło po wzbudzeniu światłem. Kiedy fluorofor wiąże się z docelowym antygenem, umożliwia wykrycie docelowej cząsteczki w próbce. Aby dalej to opisać, gdy antygen wiąże się ze specyficznym przeciwciałem, można go skoniugować z fluoroforami. Dlatego łatwo jest wykryć obecność antygenu docelowego w próbce podczas obserwacji pod mikroskopem fluorescencyjnym.
Poza tym istnieją dwa rodzaje immunofluorescencji; immunofluorescencja bezpośrednia i pośrednia. Różnica między bezpośrednią i pośrednią immunofluorescencją polega głównie na liczbie użytych przeciwciał i sprzężeniu z fluoroforem. Oznacza to, że w bezpośredniej immunofluorescencji fluorofor sprzęga się bezpośrednio z przeciwciałem pierwszorzędowym, podczas gdy w immunofluorescencji pośredniej sprzęga się fluorofor z przeciwciałem drugorzędowym.
