Kluczową różnicą między mikrosporą a ziarnem pyłku jest to, że mikrospora to mały zarodnik, który rozwija się w męskim gametoficie w roślinach, podczas gdy ziarno pyłku to małe ziarno zawierające męski gametofit.
Rozmnażanie roślin odbywa się zarówno płciowo, jak i bezpłciowo, wykazując przemianę pokoleniową. Istnieją dwa pokolenia znane jako pokolenie sporofityczne i pokolenie gametofityczne. Mikrospory i ziarno pyłku to dwie struktury, które rozwijają się w ciągu tych dwóch pokoleń. Mikrospora jest strukturą pokolenia sporofitycznego, natomiast ziarno pyłku jest strukturą pokolenia gametofitycznego. Ponadto mikroskop nie jest gametofitem, podczas gdy ziarno pyłku jest gametofitem.
