Kluczowa różnica między genomem prokariotycznym i eukariotycznym polega na tym, że genom prokariotyczny jest obecny w cytoplazmie, podczas gdy genom eukariotyczny jest zamknięty w jądrze.
Genom odnosi się do całego zbioru DNA organizmu. Innymi słowy, genom jest materiałem genetycznym organizmu, który zawiera pełną informację genetyczną. Większość organizmu ma genom utworzony z DNA. Jednak niektóre genomy są oparte na RNA. Na przykład, niektóre wirusy mają genomy RNA. Rozpatrując cały materiał genetyczny organizmu, nie obejmuje on tylko genów lub sekwencji kodujących. Obejmuje zarówno geny, jak i niekodujące sekwencje DNA.
Ponieważ informacja genetyczna znajduje się w genomie w postaci genów, geny podlegają transkrypcji i translacji w celu wyprodukowania białek. Istnieje różnica między prokariotycznymi i eukariotycznymi procesami ekspresji genomu. Ponadto przechowywanie i replikacja obu genomów są również różne u prokariontów i eukariontów. Ale struktura DNA pozostaje taka sama (Double Helix) w obu organizmach. Główna różnica między genomem prokariotycznym i eukariotycznym wiąże się z organizacją komórkową organizmów i miejscem, w którym znajduje się genom.