Kluczową różnicą między sinicami a zielenią jest to, że sinice są organizmami prokariotycznymi należącymi do Kingdom Monera, podczas gdy algi zielone to organizmy eukariotyczne należące do Kingdom Protista.
Fotosynteza to proces pokazany przez fotoautotrofy. Jest to proces polegający na syntezie węglowodanów (żywności) poprzez wychwytywanie energii ze światła słonecznego. Proces wymaga obecności barwników fotosyntetycznych, CO 2 i wody. Fotoautotrofy posiadają barwniki fotosyntetyczne do przeprowadzania fotosyntezy. Istnieją trzy główne grupy fotoautotrofów, takie jak rośliny, cyjanobakterie (sinice) i glony (w tym algi zielone). Dlatego zarówno sinice, jak i algi zielone są organizmami fotosyntetyzującymi. Jednak sinice są organizmami prokariotycznymi, podczas gdy algi zielone są organizmami eukariotycznymi. W związku z tym istnieje różnica między sinicami a zielonymi algami w oparciu o ich organizację komórkową i inne cechy.
