Kluczową różnicą między VNTR a sondą jest to, że VNTR jest krótką sekwencją nukleotydową występującą jako powtórzenie tandemowe w genomie, podczas gdy sonda jest sztucznie zsyntetyzowaną krótką sekwencją DNA lub RNA, która może być znakowana radioaktywnie.
VNTR oznacza powtarzanie tandemowe o zmiennej liczbie. Jest to krótka sekwencja nukleotydowa zorganizowana w tandemowych powtórzeniach w genomie. VNTR naturalnie występują w naszym genomie. Sonda to sztucznie zsyntetyzowana krótka sekwencja DNA lub RNA. Zarówno sonda, jak i VNTR są kwasami nukleinowymi lub krótkimi sekwencjami nukleotydowymi. Mają ogromne zastosowanie w różnych technikach biologii molekularnej, głównie w badaniach kryminalistycznych. VNTR i sonda mają pewne podobieństwa, a także różnice. Stąd w artykule podjęto próbę podkreślenia różnicy między VNTR a sondą.