Kluczowa różnica - Sonda vs Primer
Sonda molekularna to mały fragment DNA lub RNA, który rozpoznaje komplementarne sekwencje w DNA lub RNA i umożliwia identyfikację sekwencji docelowej. Starter to mały odcinek DNA lub RNA, który służy jako punkt wyjścia do syntezy DNA. Startery i sondy hybrydyzują z komplementarnymi nukleotydami matrycowego DNA lub docelowego DNA. Jednak kluczowa różnica między sondą a starterem polega na tym, że startery są niezbędne do replikacji DNA, podczas gdy sondy są niezbędne do wykrywania określonych sekwencji w próbce DNA.
SPIS TREŚCI
1. Przegląd i kluczowe różnice
2. Co to jest sonda
3. Co to jest podkład
4. Porównanie obok siebie - sonda a podkład
5. Podsumowanie
Co to jest sonda?
Sonda to mały fragment DNA lub RNA używany do wykrywania docelowego DNA lub RNA w próbce poprzez hybrydyzację molekularną. Są również znane jako markery molekularne. Długość sondy może być różna (od 100 do 1000 zasad), a nukleotydy sondy są komplementarne do części sekwencji docelowej. W celu ułatwienia wykrywania sondy znakuje się radioaktywnymi izotopami lub barwnikami fluorescencyjnymi lub przeciwciałami. Sondy wiążą się z komplementarnymi zasadami sekwencji docelowej i ujawniają obecność docelowego DNA lub RNA w próbce. Istnieją dwie główne metody znakowania sond: znakowanie końcówek i tłumaczenie nicków. Sondy są podzielone na różne typy, w tym sondy DNA, sondy RNA, sondy cDNa i sondy syntetycznych oligonukleotydów, i są przygotowywane przy użyciu różnych technik.
Sondy są ważnymi narzędziami w wielu obszarach mikrobiologicznych i molekularnych, takich jak wirusologia, patologia sądowa, badanie ojcostwa, pobieranie odcisków palców DNA, wykrywanie chorób genetycznych, RFLP, cytogenetyka molekularna, hybrydyzacja in situ itp.
Rysunek 01: Sonda znakowana fluorescencyjnie używana w FISH do wykrywania patogenów
Co to jest podkład?
Starter to krótki fragment DNA lub RNA, który służy jako inicjator syntezy DNA. Enzym polimeraza DNA dodaje nukleotydy do grupy 3 'OH sekwencji startera i syntetyzuje nową nić komplementarną do matrycowego DNA. Startery to bardzo krótkie fragmenty o długości od 18 do 20 nukleotydów. Są syntetyzowane chemicznie w laboratorium do amplifikacji DNA in vitro (PCR). Startery mogą mieć dowolną sekwencję nukleotydów, ponieważ są zaprojektowane przez użytkownika. Są syntetyzowane w celu dopasowania do uzupełniających się zasad matrycowego DNA. Dlatego może mieć dowolną sekwencję nukleotydów. Startery mają ogromne znaczenie dla replikacji DNA, ponieważ polimeraza DNA nie może syntetyzować nowego DNA bez istniejącego wcześniej fragmentu DNA. Projektując startery do PCR, należy wziąć pod uwagę następujące kwestie:
- Startery powinny zawierać komplementarne nukleotydy do flankującego końca DNA, który chce się amplifikować.
- Podkłady powinny mieć temperaturę topnienia 55 - 65 0 C
- Zawartość G i C powinna wynosić od 50 do 60%.
W PCR stosuje się dwa startery jako forward i reverse w celu replikacji obu nici próbki DNA. Startery są powszechnie używane do przeprowadzania PCR i sekwencjonowania DNA.
Rysunek 02: Łączenie starterów w PCR
Jaka jest różnica między Probe i Primer?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Sonda vs Primer |
|
| Sonda to mały fragment DNA / RNA używany do wykrywania obecności docelowej sekwencji w próbce poprzez hybrydyzację molekularną. | Starter to mały odcinek DNA lub RNA, który służy jako punkt wyjścia do replikacji DNA. |
| Funkcjonować | |
| Wykrywa to obecność określonej sekwencji w próbce DNA lub RNA. | Działa jako punkt wyjścia do syntezy DNA. |
| Długość | |
| Długość może mieścić się w zakresie 100 - 1000 zasad | Długość wynosi ogólnie około 18 - 20 zasad |
| Wiązanie z sekwencją komplementarną | |
| Sonda hybrydyzuje z komplementarnymi zasadami sekwencji docelowej | Primer łączy się z komplementarnymi zasadami nici DNA. |
| Etykietowanie | |
| Sondy są oznakowane w celu ułatwienia wykrywania | Podkłady generalnie nie są oznakowane |
| Zastosowanie w PCR | |
| Sondy nie są używane w PCR | Startery są używane w PCR |
Podsumowanie - Probe vs Primer
Sonda to mały fragment sekwencji DNA lub RNA, który można hybrydyzować z komplementarnymi nukleotydami w celu wykrycia docelowej sekwencji w próbce. Sondy są znakowane radioaktywnie, immunologicznie lub fluorescencyjnie, aby zobaczyć obecność sekwencji docelowej. Starter to bardzo mały fragment DNA lub RNA, który działa jako punkt wyjścia do amplifikacji DNA in vitro. Polimeraza DNA identyfikuje starter z grupy 3 'OH i inicjuje budowę nowej nici komplementarnej do matrycy. Sondy i startery działają podobnie, hybrydyzując z komplementarnymi nukleotydami. Zatem kluczową różnicą między sondą a starterem jest ich podstawowa funkcja.
