Kluczowa różnica - VNTR vs STR
Badania DNA mają ogromną przydatność w zrozumieniu i określeniu związków filogenetycznych, diagnozowaniu chorób genetycznych i mapowaniu genomów organizmu. Do identyfikacji określonego genu lub sekwencji DNA w puli nieznanego DNA stosuje się kilka technik związanych z analizą DNA. Są znane jako markery genetyczne. Markery genetyczne są wykorzystywane w biologii molekularnej do identyfikacji zmienności genetycznej między osobnikami i gatunkami. Powtórzenia tandemowe o zmiennej liczbie (VNTR) i krótkie powtórzenia tandemowe (STR) to dwa rodzaje markerów genetycznych, które wykazują polimorfizm wśród osobników. Oba typy to niekodujące, powtarzalne DNA, które są powtórzeniami tandemowymi. Są ułożone w chromosomach w układzie głowa do ogona. VNTR to fragment genomu, w którym krótka sekwencja nukleotydów jest powtarzana kilka razy. STR to kolejna sekcja DNA w genomie, która jest zorganizowana jako powtarzające się jednostki składające się z dwóch do trzynastu nukleotydów sto razy. Kluczową różnicą między VNTR i STR jest liczba nukleotydów w powtarzającej się sekwencji. Powtarzające się jednostki VNTR składają się z 10 do 100 nukleotydów, podczas gdy powtarzająca się jednostka STR składa się z 2 do 13 nukleotydów. VNTR i STR są szeroko stosowane w badaniach kryminalistycznych.
ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowe różnice
2. Co to jest VNTR
3. Co to jest STR
4. Podobieństwa między VNTR a STR
5. Porównanie bezpośrednie - VNTR vs STR w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie
Co to jest VNTR?
Powtórzenie tandemowe to krótka sekwencja DNA, która jest powtarzana od głowy do ogona w określonym locus chromosomalnym. W powtórzeniu tandemowym nie ma innej sekwencji ani nukleotydu. W genomie występuje kilka typów powtórzeń tandemowych. VNTR jest rodzajem powtórzeń tandemowych, które mają powtarzające się jednostki składające się z 10 do 100 nukleotydów. VNTR to rodzaj minisatelity. Te powtórzenia tandemowe można znaleźć w wielu chromosomach. Są przeplatane w obrębie ludzkiego genomu i znajdują się głównie w subtelomerycznych regionach chromosomów.
VNTR wykazują polimorfizm powtórzeń tandemowych wśród osób. Długość VNTR w określonej lokalizacji chromosomu jest bardzo zmienna wśród osób ze względu na zmienność liczby powtarzających się jednostek zorganizowanych w tej sekcji DNA. Dlatego VNTR może być wykorzystywane jako potężne narzędzie do identyfikacji osób, a analiza VNTR jest wykorzystywana w wielu dziedzinach, w tym w genetyce, badaniach biologicznych, medycynie sądowej i odciskach palców DNA. VNTR były pierwszymi markerami genetycznymi używanymi do oceny ilościowej przeszczepu szpiku kostnego. VNTR były również pierwszymi markerami polimorficznymi używanymi w profilowaniu DNA w medycynie sądowej.
Rysunek 01: Zmienność VNTR u sześciu osób
Analizę VNTR przeprowadza się poprzez polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych, a następnie hybrydyzację typu Southerna. Dlatego potrzebuje stosunkowo dużej próbki DNA. Interpretacja profilu VNTR jest również problematyczna. Z powodu tych ograniczeń zastosowanie VNTR w genetyce kryminalistycznej zostało ograniczone i zastąpione analizą STR.
Co to jest STR?
STR to wysoce powtarzalna sekcja DNA, która składa się z dwóch do trzynastu powtarzających się jednostek nukleotydów zorganizowanych w tandemie. STR jest podobny do VNTR. Ale różni się od VNTR od liczby nukleotydów w powtarzającej się sekwencji i liczby powtórzeń. STR to rodzaj mikrosatelity.
Analiza STR polegająca na pomiarze dokładnej liczby powtarzających się jednostek. STR są bardzo zmienne wśród osób, podobnie jak VNT. Profile STR różnią się w zależności od osoby. Dlatego analiza STR jest stosowana w biologii molekularnej do porównywania specyficznych loci na DNA z dwóch lub więcej próbek. Dlatego STR są uważane za potężne markery genetyczne w biologii molekularnej. Stanowi doskonałe narzędzie do identyfikacji osobników ze względu na ich wysoki stopień polimorfizmu i stosunkowo niewielką długość.
Obecnie STR są najczęściej stosowanym narzędziem do analizy polimorfizmu genetycznego w genetyki sądowej. Większość spraw sądowych obejmuje analizę polimorficzną STR. Loci STR są rozmieszczone w całym genomie. W chromosomach znajdują się tysiące STR, które można wykorzystać w analizie kryminalistycznej. Analiza STR nie obejmuje polimorfizmu długości restrykcyjnej, jak analiza VNTR. Analiza STR nie tnie DNA enzymami restrykcyjnymi. Do przyłączenia żądanych regionów do DNA stosuje się specyficzne sondy, a przy użyciu techniki PCR określa się długości STR.
Rysunek 02: Zmienność STR między próbkami
Jakie są podobieństwa między VNTR a STR?
- VNTR i STR to niekodujące DNA.
- Oba są powtórzeniami tandemowymi.
- Oba wykazują polimorfizm wśród osobników ze względu na różnicę w długości odcinka DNA.
- Oba są używane jako silne markery genetyczne w odciskach palców DNA i w badaniach kryminalistycznych.
Jaka jest różnica między VNTR a STR?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
VNTR vs STR |
|
| VNTR jest niekodującym, powtarzalnym DNA, który ma krótką sekwencję nukleotydów powtarzaną tandemowo. | STR to wysoce powtarzalna sekcja DNA, która składa się z dwóch do trzynastu powtarzających się jednostek nukleotydów zorganizowanych w tandemie. |
| Rozmiar | |
| VNTR są większe niż STR. | STR są mniejsze niż VNTR. |
| Liczba nukleotydów w powtarzającej się sekwencji | |
| Powtarzająca się jednostka VNTR składa się z 10 do 100 nukleotydów. | Powtarzająca się jednostka STR składa się z 2 do 13 nukleotydów. |
Podsumowanie - VNTR vs STR
VNTR i STR to dwa potężne markery genetyczne wykorzystywane w biologii molekularnej, zwłaszcza w genetyki kryminalistycznej. VNTR to rodzaj minisatelity, a STR to mikrosatelita. VNTR i STR to niekodujące, wysoce powtarzalne DNA. Są to powtórzenia w tandemie. Ogólna struktura VNTR i STR jest taka sama. Jednak liczba nukleotydów w powtarzającej się sekwencji i długość są różne. VNTR ma powtarzające się sekwencje składające się z 10 do 100 nukleotydów. STR ma powtarzające się sekwencje składające się z 2 do 13 nukleotydów. To jest różnica między VNTR a STR.
Pobierz wersję PDF VNTR vs STR
Możesz pobrać wersję PDF tego artykułu i używać jej w trybie offline, zgodnie z notami cytowania. Pobierz wersję PDF tutaj Różnica między VNTR a STR.
