Kluczową różnicą między sekwencjonowaniem strzelby a sekwencjonowaniem nowej generacji jest to, że sekwencjonowanie strzelby jest metodą sekwencjonowania, która losowo dzieli sekwencje DNA na wiele małych fragmentów i ponownie składa sekwencję, obserwując nakładające się regiony, podczas gdy sekwencjonowanie następnej generacji (NGS) jest zaawansowaną metodą sekwencjonowanie genetyczne zależne od elektroforezy kapilarnej.
Sekwencjonowanie to proces, który określa dokładną kolejność nukleotydów w genie, klaster genów, chromosom i cały genom. W badaniach genomicznych, kryminalistycznych, wirusologii, systematyki biologicznej, diagnostyce medycznej, biotechnologii i wielu innych dziedzinach bardzo ważna jest analiza struktury i funkcji genów oraz identyfikacja organizmów. Ponadto dostępne są różne rodzaje metod sekwencjonowania. Sekwencjonowanie strzelby i Sekwencjonowanie nowej generacji to dwie zaawansowane metody wśród nich.