Kluczowa różnica między hierarchicznym a sekwencjonowaniem strzelby całego genomu polega na tym, że w hierarchicznym sekwencjonowaniu strzelby genom jest dzielony na większe fragmenty przed sekwencjonowaniem, podczas gdy w sekwencjonowaniu strzelby całego genomu cały genom jest dzielony na małe fragmenty do sekwencjonowania.
Sekwencjonowanie jest ważną techniką w procesach molekularnych, zwłaszcza w dokładnej identyfikacji gatunków. W rzeczywistości jest to technika identyfikacji dokładnej kolejności nukleotydów w genie lub genomie. Istnieje wiele technik sekwencjonowania. Niektóre z nich obejmują metodę Maxama Gilberta, metodę Sangera i zautomatyzowaną metodę Sangera.