Kluczowa różnica między teorią orbitali molekularnych a teorią hybrydyzacji polega na tym, że teoria orbitali molekularnych opisuje tworzenie orbitali wiążących i przeciwwiązaniowych, podczas gdy teoria hybrydyzacji opisuje tworzenie orbitali hybrydowych.
Istnieją różne teorie określające strukturę elektronową i orbitalną cząsteczek. Teoria VSEPR, teoria Lewisa, teoria wiązań walencyjnych, teoria hybrydyzacji i teoria orbitali molekularnych to tak ważne teorie. Wśród nich najbardziej akceptowalną teorią jest teoria orbitali molekularnych.