Kluczowa różnica między przepływem energii a obiegiem materii polega na tym, że przepływ energii przedstawia przenoszenie energii z jednego poziomu troficznego do następnego poziomu troficznego w łańcuchach pokarmowych, podczas gdy cykl materii przedstawia przepływ lub obieg pierwiastków w żywych i nieożywionych częściach ekosystemów.
Energia przepływa w ekosystemie przez łańcuchy pokarmowe. Podobnie elementy poruszają się po różnych częściach Ziemi. Słońce jest źródłem energii większości ekosystemów. Pierwotni producenci przekształcają energię światła słonecznego w węglowodany. Konsumenci, zwłaszcza roślinożercy, spożywają żywność wyprodukowaną przez producentów. Następnie mięsożercy i wszystkożercy zależą od roślinożerców. Podobnie energia przepływa przez różne poziomy troficzne. Jednocześnie materia podlega recyklingowi w różnych procesach. W rzeczywistości zarówno energia, jak i materia przemieszczają się z jednego organizmu do drugiego w łańcuchach pokarmowych.
