Kluczową różnicą między endocytozą a fagocytozą jest to, że endocytoza to proces wprowadzania materii do komórki poprzez tworzenie pęcherzyków błony komórkowej, podczas gdy fagocytoza to proces pobierania dużej substancji stałej do komórki poprzez tworzenie fagosomów.
Endocytoza i fagocytoza to dwa mechanizmy transportu, które przenoszą materiały do komórki. Endocytoza dzieli się na trzy kategorie. Wśród nich fagocytoza i pinocytoza to dwa najczęstsze typy. Ponadto fagocytoza jest formą endocytozy. Podczas obu mechanizmów materiały są pobierane do wnętrza pęcherzyków. Materiały te obejmują szczątki komórek, enzymy, martwe komórki, patogeny, hormony, składniki odżywcze itp. Odwrotnym mechanizmem endocytozy jest egzocytoza, która polega na usunięciu materiału z komórki zamkniętej w pęcherzykach.
