Kluczowa różnica między endocytozą a egzocytozą polega na tym, że endocytoza przenosi substancje do komórki, podczas gdy egzocytoza przenosi substancje na zewnątrz komórki.
Komórka ma błonę komórkową, która działa jako bariera między wnętrzem komórki a środowiskiem zewnętrznym. Dlatego posiadając taką membranę, komórki potrzebują pewnego rodzaju mechanizmu transportowego, aby połączyć się ze środowiskiem zewnętrznym. Na przykład komórki muszą pozyskiwać składniki odżywcze i wydalać odpady z komórki. W tym celu komórki mają cztery podstawowe mechanizmy transportu: dyfuzję, osmozę, transport aktywny i transport masowy. Dyfuzja i osmoza to procesy pasywne, podczas gdy transport aktywny i transport masowy to procesy aktywne, które zużywają energię. Endocytoza i egzocytoza to dwa rodzaje mechanizmów transportu masowego, które przenoszą duże cząstki przez błonę plazmatyczną z komórki do środowiska zewnętrznego lub ze środowiska zewnętrznego do komórki. Oba te mechanizmy tworzą błonowe pęcherzyki jako środek transportu.
