Kluczowa różnica między fagocytozą a opsonizacją polega na tym, że fagocytoza jest mechanizmem wykonywanym przez określone komórki lub organizmy w celu wchłonięcia lub pochłonięcia obcych cząstek, podczas gdy opsonizacja jest procesem, w którym patogeny są usuwane z systemu po ich znakowaniu za pomocą opsonin.
Odpowiedzi immunologiczne mogą być wrodzone lub adaptacyjne. Patogeny posiadają receptory rozpoznające patogeny, które ułatwiają ich identyfikację przez gospodarza. Opsonizacja i fagocytoza to dwie odpowiedzi immunologiczne. Podczas opsonizacji gospodarz identyfikuje i zaznacza atakujące cząstki w celu zniszczenia przez produkcję opsonin. Fagocytoza to mechanizm, za pomocą którego pewne komórki odpornościowe pochłaniają i niszczą atakujące cząstki lub obce cząstki z organizmu.