Kluczowa różnica między transformacją a transdukcją polega na tym, że transformacja jest mechanizmem, który zmienia materiał genetyczny bakterii poprzez bezpośrednie pobieranie egzogennego materiału genetycznego z otoczenia przez błonę komórkową i włączanie go do genomu, podczas gdy transdukcja polega na wstrzyknięciu obcego DNA przez wirus bakteriofaga do bakterii żywiciela.
Koniugacja to dobrze znana metoda rekombinacji DNA, którą można znaleźć zarówno u eukariontów, jak i prokariotów. Naukowcy odkryli, że możliwe jest przenoszenie DNA z jednej komórki bakteryjnej do drugiej za pomocą dwóch innych mechanizmów: transformacji i transdukcji. Podobnie jak w przypadku koniugacji, te dwa mechanizmy przenoszą DNA w jednym kierunku, a rekombinacja zachodzi między allelami w homologicznych regionach DNA. Oba mechanizmy przenoszą bardzo niewielkie ilości DNA i nie przenoszą całego chromosomu komórki.
