Kluczową różnicą między mezodermą a mezenchymem jest to, że mezoderma jest jedną z trzech listków zarodkowych dwustronnie symetrycznych zwierząt, podczas gdy mezenchym jest niezróżnicowaną tkanką znajdującą się w prawdziwej mezodermie embrionalnej.
U zwierząt diploblastycznych plan ciała jest stosunkowo prosty i składa się z dwóch warstw komórek. Dwie warstwy to zewnętrzna ektoderma i wewnętrzna endoderma. Komórki ektodermy są zwrócone w stronę środowiska, a komórki endodermy zwrócone są w stronę enteronu, który jest jamą z pojedynczym otworem na zewnątrz. Otwarciem są usta. Ponadto stan triploblastyczny to stan, w którym w zarodku rozwija się trzecia warstwa zwana mezodermą. Mezoderma leży między ektodermą a endodermą, oddzielając dwie warstwy komórek. Trzecia warstwa jest ważna dla organizmu. U niektórych zwierząt znaczna część mezodermy pozostaje niezróżnicowana i tworzy tkankę zwaną mezenchymem, która wspiera i chroni narządy ciała.
