Kluczowa różnica między mezenchymem a ektomezenchymem zależy od rodzaju zawartych w nich komórek. Mezenchym zawiera luźne komórki, które łatwo migrują, tworząc zmieloną tkankę kolagenu oraz tkankę kostną i chrzęstną, podczas gdy ektomezenchym zawiera komórki grzebienia nerwowego i tworzy tkanki szyi i czaszki.
Zarówno mezenchym, jak i ektomezenchym są obecne w fazie embrionalnej. Rozwój mezenchymu i ektomezenchymu jest ważny dla badania rozwoju różnych tkanek, które powstają z tych komórek.