Kluczową różnicą między odległością genetyczną a odległością fizyczną jest rodzaj sekwencji użytej do analizy odległości między dwiema populacjami tego samego gatunku. Odległość genetyczna jest miarą dywergencji genetycznej między gatunkami lub między populacjami w obrębie gatunku, podczas gdy odległość fizyczna mierzy liczbę nukleotydów między dwoma markerami.
Odległość genetyczna i odległość fizyczna zapewniają wgląd w ewolucyjne relacje między dwiema populacjami gatunku. Dlatego mapy odległości zapewniają łączenie populacji na podstawie danych genetycznych. Sekwencjonowanie genomu i analiza bioinformatyczna odgrywają ważną rolę w określaniu zarówno genetycznych, jak i fizycznych odległości.
