Kluczową różnicą między fagolizosomem a fagosomem jest to, że fagolizosom jest ciałem cytoplazmatycznym utworzonym przez fuzję fagosomu z lizosomem. Tymczasem fagosom to pęcherzyk utworzony wokół cząstek pochłoniętych przez komórkę fagocytarną podczas fagocytozy.
Fagocytoza to mechanizm obronny stosowany w niektórych komórkach lub organizmach do usuwania obcych cząstek z organizmu. Fagocyty to komórki, które przeprowadzają fagocytozę. Fagocyty to rodzaje białych krwinek, w szczególności neutrofile, monocyty i makrofagi obecne we krwi. Komórki te chronią organizm, wykrywając obce cząsteczki, takie jak bakterie, toksyny, martwe i umierające komórki somatyczne itp. Następnie fagocyty pochłaniają je i niszczą. Fagocytoza to rodzaj endocytozy. W wyniku fagocytozy cząstki stałe ulegają internalizacji do struktury zwanej fagosomem. Po uwięzieniu w fagosomie łączą się z lizosomami i tworzą fagolizosomy. Następnie przy użyciu enzymów hydrolazy lizosomalnej cząsteczki wewnątrz fagosomu są degradowane i niszczone.
