Kluczowa różnica między histopatologią a cytologią polega na tym, że histopatologia to badanie chorych tkanek za pomocą mikroskopu, podczas gdy cytologia to badanie pojedynczych komórek organizmu.
Komórki to podstawowe jednostki strukturalne życia. Podczas diagnostyki chorób w medycynie patolodzy badają komórki i całe tkanki. Badanie tkanek w odniesieniu do choroby jest znane jako histopatologia. Z kolei badanie pojedynczego typu komórek jest znane jako cytologia. Dlatego histopatologia bada tkanki, podczas gdy cytologia bada poszczególne komórki.