Kluczową różnicą między prototropią a tautomeryzmem jest to, że prototropia omawia dwie formy cząsteczki, które różnią się od siebie tylko pozycją konkretnego protonu, podczas gdy tautomeria omawia wzajemną konwersję dwóch izomerów strukturalnych poprzez relokację atomów lub wiązań.
Prototropia jest formą tautomerii; jest to najczęstsza forma tautomerii. Tautomeria to pojęcie w chemii organicznej, które opisuje przemianę jednego izomeru strukturalnego w inny izomer poprzez relokację atomów lub wiązań. Jeśli relokacja zachodzi w protonie w cząsteczce, wówczas nazywamy to prototropią. Dlatego ten typ tautomerii jest znany jako tautomeria prototropowa.
