Kluczowa różnica między maksymalną oszczędnością a maksymalnym prawdopodobieństwem zależy od metody zastosowanej w opracowaniu drzewa filogenetycznego. Maksymalna oszczędność koncentruje się na zminimalizowaniu całkowitych stanów charakteru podczas konstrukcji drzewa filogenetycznego, podczas gdy maksymalne prawdopodobieństwo jest podejściem statystycznym przy rysowaniu drzewa filogenetycznego w zależności od prawdopodobieństwa między danymi genetycznymi.
Filogeneza to nowatorskie podejście do klasyfikacji i nazewnictwa organizmów. Filogeneza opiera się na danych genetycznych i relacjach ewolucyjnych. Dane genetyczne są wynikiem sekwencjonowania DNA. W filogenezie klasyfikacja organizmów odbywa się na podstawie wspólnego przodka. Maksymalna oszczędność i maksymalne prawdopodobieństwo związku filogenetycznego zwiększają dokładność i wiarygodność drzewa filogenetycznego.
