Kluczową różnicą między homunkulusem motorycznym a czuciowym jest rodzaj przetwarzania, któremu podlega podczas mapowania neurologicznego. Motoryczny homunkulus to mapa przedstawiająca motoryczne przetwarzanie różnych anatomicznych części ciała, podczas gdy czuciowy homunkulus to mapa przedstawiająca sensoryczne przetwarzanie różnych anatomicznych części ciała.
Homunkulus to wyimaginowana mapa wygenerowana na podstawie dostępnych danych dotyczących różnych połączeń neurologicznych. Obejmuje głównie mózg, przetwarzanie sensoryczne i przetwarzanie motoryczne. Ponadto nerwy i rdzeń kręgowy również odgrywają ważną rolę w tworzeniu homunkulusa.